圓通寺坐落在延平區九峰山之麓，已有1000多年的歷史。據《八閩通志》載，現在圓通寺的前身為“南平玄妙觀”，五代周顯德六年（959年），閩王延政期間建的，名“招仙道院”。宋代大中祥符二年（1009年）改為“天慶觀”。明代洪武初（1368年左右）及正統末（1449年左右），兩次毀于兵災。隨后復建。內有太乙官、普化院，觀之左有“云深亭”，瀕津有冷風閣。唐代王初天慶觀詩云：“劍化江邊綠構新，層臺不染玉梯塵。千章隱篆標龍簡，一曲空歌降鳳鈞。嵐氣濕衣云葉晚，天香飄戶月枝春。盟金早晚聞仙語，學種三株伴羽人?！彼未韺W家朱熹也有水南天慶觀夜作詩一首：“石樓云臥對江城，城角吟霜永夜深。料得南枝正愁絕，不堪聞此斷腸聲”。

清“玄妙觀”改為圓通。據《南平縣志》載：圓通寺即（玄妙觀），冷風閣舊址，面仙山，俯劍潭，登者有出塵之想。宋王以詠詩：“劍水落霞晴尉綠，衍峰新月夜梳鬟”。閣后山形如交椅，俗傳為陳友諒祖墓。

清代光緒中（1890年左右）僧人儷龍募建，規模宏偉，就是現在的圓通寺舊址，約有100年歷史了。1992年開始重修寺廟，目前寺廟擁有觀音殿、臥佛殿齋堂，僧房2座，占地面積1221平方米，建筑面積2226平方米，住廟僧尼5人。