蓮山寺位于龍巖城區國道319、省道福三線交匯處的蓮花山，始建于唐，迄今有1300多年的歷史。根據《龍巖州志》記載：“山中有石若蓮瓣，故名蓮花招提”，“山上有座觀音堂，又名觀音庵、蓮花庵”?！坝^音堂供大士，香火鼎盛，祈禱皆應，香客如云，皈依者眾”

到明代有僧人比丘進住蓮花庵，故改為“蓮山寺”，自此延續至今。先后有法智和尚、正光比丘、易淦比丘、初魁比丘、始發比丘、始濤比丘等住持蓮山寺。到清代咸豐年間，有武僧傳藝，教出臨近村莊的眾多弟子，習武健身，至今流傳。山上有明清時代的和尚墓3處。寺廟尚有明代遺留下來銅香爐1個，《金剛經》1本，因年久蟲蝕已無法翻看。根據《龍巖縣志》，在清光緒四年（1878年），龍巖王有容縣長出錢置若干畝良田捐贈蓮山寺，并立有《蓮花山香燈田碑記》石碑一塊，上有碑文，現仍豎立在老“觀音庵”。碑刻除《香燈田碑記》外，還刻有蓮山寺周圍環境“龍門前供，虎嶺東環”等記載。

蓮山寺曾有一段時間無人看管。到解放前期，東肖鄧根茂信士、杉姐居士看守蓮山寺。20世紀50年代后有釋慧瑛法師、光巧比丘尼、光新比丘尼、光益比丘尼住持蓮山寺。由于歷史原因，在20世紀70年代寺廟被毀，3位比丘尼被迫下山。到20世紀80年代初期，黨和政府恢復了宗教信仰自由政策，她們又回到了蓮山寺。

改革開放以來，蓮山寺依照傳統寺院布置和古建筑風格，采用石木結構，依次建起天王殿、大雄寶殿、千手觀音閣、回廊十八羅漢、西方三圣像、三世佛像、滴水觀音像、鐘鼓樓、地藏殿、僧房、彌陀春托老院、佛教陳列館、素食部、慈善功德會停車場等，建筑面積近2萬平方米，擬將續建法堂、藏經樓、方丈室、華嚴三圣殿等寺院配套工程?，F寺院常住清眾（比丘、沙彌、居士）32人。