莆田南少林寺是歷史上的武林勝地，曾因“南拳北腿”與河南嵩山少林寺遙相呼應，世稱“南北少林”，是我國佛教禪宗文化遺產和少林南拳的發源地之一。

莆田南少林寺的前身“林泉院”，坐落在層巒疊嶂中的九蓮山麓，始建于南朝陳永定元年（557年）。唐朝初年李世民登基后，輔公佑部將路得才聚眾東南沿海為非作歹，鬧得民不聊生。歹徒行蹤不定，聚散無常，如果派大軍圍剿，無異用拳頭打跳蚤，勞民傷財，且難奏效。唐太宗把已封為大將軍的少林寺方丈曇宗找來懲治海盜。曇宗派十三棍僧之一的道廣等帶領500名僧兵入閩平暴。暴亂平息后，沿海人民挽留這些救苦救難的活菩薩。唐王李世民念少林寺十三棍僧救駕之功，恩準在福建修建少林分寺。道廣根據曇宗方丈的偈語：“傍海平盜日月久，九蓮山下有宿頭。南北千里同一寺，大乘禪在心中留”，找到了當時就有名氣，且地形酷似嵩山的林泉院擴寺定居，同嵩山少林寺一樣養僧兵，參政事，林泉院也就成為江南的少林分寺。該寺所在的林山村周圍有九座山圍成一圈，形如九瓣蓮花，寺院坐落在花心的位置上，因此得名九蓮山少林寺，世稱“南少林寺”。

清朝初年，各地抗清志士、武林俊賢紛紛來到具有習武傳統的南少林，把它作為反清復明的基地。由于叛徒的出賣，南少林被官軍攻陷，僧眾多被殺戮，寺院被夷為平地。沖出火海的武僧流落江湖，傳徒授藝，堅持抗清斗爭。據傳，南拳的不少套路出自南少林。由于清廷的輿論封鎖，這一段悲壯的歷史鮮為人知，只是在民間悄悄地流傳。

1986年，福建省莆田市傳出一個驚人的消息：國家文物普查中，在荔城區西天尾鎮的一個山村里，意外地找到了南少林寺的遺址。消息傳來，立即在海內外引起了巨大轟動，時任中國佛教協會會長趙樸初聽到此消息后非常高興，親筆題寫“南少林寺”匾額，表態支持南少林寺的開發建設。1992年8月8日，省政府正式批準在遺址上重建南少林寺，重建工程分三期進行，首期工程的盤山公路、大雄寶殿、天王殿、鐘鼓樓、僧舍、放生池、山門等10多個項目已于1998年12月8日竣工、剪彩，并正式對外開放。

2006年11月2日，莆田南少林寺舉辦盛大的“祈禱國泰民安世界和平大法會”，并禮請中國佛教協會副會長、福建省佛教協會會長、莆田廣化寺方丈學誠法師為南少林寺方丈。千年古剎從此進入了一個新的歷史發展時期。目前僧眾的人數已經有30多位。2007年10月30日，莆田南少林寺舉辦了南北少林武術公演盛會及祈禱世界和平社會和諧大法會，使得歷史上南少林寺的禪武傳統得以延續。學誠法師規劃南少林寺將逐步涉足社會慈善事業，進一步弘揚中華民族傳統文化，弘揚佛教關懷人間、利益眾生的慈悲精神，推廣慈心建設，提升有情的心靈境界，為世間的心靈和諧、社會和諧和世界和平作出自己的貢獻。