法因寺原名祈保亭，又名七寶寺，明代始建，清嘉慶及道光年間曾兩次重修。原建筑面積約200多平方米，有三進：前廳、中堂、禪房。直到現今，該寺仍供奉男相蓄須觀音菩薩圣像，當地人稱之為“祈保亭佛祖”，十分獨特。

1938年夏，弘一大師駐錫祈保亭，因“祈?！迸c“七寶”諧音，改祈保亭為七寶寺，并為之題匾額于寺門之上。1988年，祈保亭被市政府定為第一批文物保護單位。此后，由普法法師倡導并募集資金，在離原祈保亭舊址東側約200米處，興建了“弘一法師紀念堂”，并將原中殿移建在該堂前殿，同時更名為“法因寺”，前寺后堂，具有閩南佛教古建筑的風格。

如今，前殿是法因寺，建筑面積144平方米，有原祈報亭3副石柱楹聯，其一為“祈福祈壽祈男有祈必應，保民保家保國容保無疆?！绷硪粸?，“有祈必安座上慈云繞，所保皆吉亭中法界新?！爆F又添兩副對聯，其一為“法入空門求勝解，因向僧伽問此身”。另一為“法無不被男相女相如來相，因以為緣鼓山南山靈鷲山?！?/p>

中間是天井，約415平方米，南北為兩廂房，共3層：一層為弘一法師事跡展室和辦公室，二三層為寮房。

后殿有兩層：一層為觀音堂，二層中間設弘一法師紀念堂，堂內正中供奉著翠綠透明玉佛像，佛像前置弘一法師半身塑像1尊，堂內四周圍有一圈供禪坐的榻椅，廳內圓柱均外包一層精細的木雕。堂外兩側相對有兩小廳，一曰“無盡意”（取弘一法師所書“無言施教，道行八閩；意猶未了，愿在十方”之意），一曰“普門”（“普及十方、門開不二”），都以弘一法師的字體鐫刻之。